Working with Infogripe datasets

Infogripe is an online platform that tracks epidemiolgical data about influenza-like diseases in Brazil.

from pysus.online_data.Infogripe import list_datasets, download

Infogripe makes available different datasets. To findout which ones are available before downloading we can ask PySUS to list them:

list_datasets()

['Alerta de situação',
 'Casos por idade, sexo e virus',
 'Casos Totais e estimativas',
 'Valores esperados por localidades']

%time df_alert = download("Alerta de situação")
df_alert

CPU times: user 41.5 ms, sys: 6.24 ms, total: 47.7 ms
Wall time: 450 ms

	UF	Unidade da Federação	dado	escala	Ano epidemiológico	Semana epidemiológica	casos estimados	média móvel	nível semanal	nível por média móvel
0	0	Brasil	srag	incidência	2023	35	0.721764	0.722381	valor epidêmico	Amarelo
1	0	Brasil	srag	incidência	2023	36	0.614818	NaN	valor epidêmico	NaN
2	1	Região Norte	srag	incidência	2023	35	0.839626	0.876132	valor alto	Vermelho
3	1	Região Norte	srag	incidência	2023	36	0.698819	NaN	valor epidêmico	NaN
4	2	Região Nordeste	srag	incidência	2023	35	0.657986	0.650637	valor muito alto	Vermelho
...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...
69	1002	Regional Leste	srag	incidência	2023	36	0.652379	NaN	valor epidêmico	NaN
70	1003	Regional Centro	srag	incidência	2023	35	0.585927	0.623618	valor epidêmico	Amarelo
71	1003	Regional Centro	srag	incidência	2023	36	0.520824	NaN	valor epidêmico	NaN
72	1004	Regional Sul	srag	incidência	2023	35	0.720427	0.723445	valor epidêmico	Amarelo
73	1004	Regional Sul	srag	incidência	2023	36	0.595660	NaN	valor epidêmico	NaN

74 rows × 10 columns

df_age_sex_virus = download("Casos por idade, sexo e virus")
df_age_sex_virus

	data de publicação	UF	Unidade da Federação	Tipo	dado	escala	sexo	Ano epidemiológico	Semana epidemiológica	Ano e semana epidemiológica	...	Vírus sincicial respiratório (VSR)	Parainfluenza 1	Parainfluenza 2	Parainfluenza 3	Parainfluenza 4	Adenovirus	Rinovirus	Bocavirus	Metapneumovirus	Outros virus
0	2023-09-13	11	Rondônia	Estado	srag	incidência	F	2009	1	2009W01	...	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
1	2023-09-13	11	Rondônia	Estado	srag	incidência	M	2009	1	2009W01	...	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
2	2023-09-13	11	Rondônia	Estado	srag	incidência	Total	2009	1	2009W01	...	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
3	2023-09-13	11	Rondônia	Estado	srag	incidência	F	2009	2	2009W02	...	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
4	2023-09-13	11	Rondônia	Estado	srag	incidência	M	2009	2	2009W02	...	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...
892768	2023-09-13	3	Região Sudeste	Região	obito	casos	Total	2023	35	2023W35	...	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
892769	2023-09-13	3	Região Sudeste	Região	obito	casos	F	2023	36	2023W36	...	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
892770	2023-09-13	3	Região Sudeste	Região	obito	casos	I	2023	36	2023W36	...	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
892771	2023-09-13	3	Região Sudeste	Região	obito	casos	M	2023	36	2023W36	...	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
892772	2023-09-13	3	Região Sudeste	Região	obito	casos	Total	2023	36	2023W36	...	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0

892773 rows × 42 columns

df_totals = download("Casos Totais e estimativas")
df_totals

	data de publicação	UF	Unidade da Federação	Tipo	dado	escala	Ano epidemiológico	Semana epidemiológica	Situação do dado	Casos semanais reportados até a última atualização	...	casos estimados	média móvel	limite superior da estimativa	Percentual em relação ao país	População	limiar pré-epidêmico	intensidade alta	intensidade muito alta	nível semanal	nível por média móvel
0	2023-09-13	0	Brasil	País	srag	casos	2009	1	Dado estável. Sujeito a pequenas alterações.	0.000000	...	NaN	NaN	NaN	NaN	193543969	614.000000	1588.000000	2056.000000	valor baixo	NaN
1	2023-09-13	0	Brasil	País	srag	casos	2009	2	Dado estável. Sujeito a pequenas alterações.	0.000000	...	NaN	0.000000	NaN	NaN	193543969	614.000000	1588.000000	2056.000000	valor baixo	Verde
2	2023-09-13	0	Brasil	País	srag	casos	2009	3	Dado estável. Sujeito a pequenas alterações.	0.000000	...	NaN	0.000000	NaN	NaN	193543969	614.000000	1588.000000	2056.000000	valor baixo	Verde
3	2023-09-13	0	Brasil	País	srag	casos	2009	4	Dado estável. Sujeito a pequenas alterações.	0.000000	...	NaN	0.000000	NaN	NaN	193543969	614.000000	1588.000000	2056.000000	valor baixo	Verde
4	2023-09-13	0	Brasil	País	srag	casos	2009	5	Dado estável. Sujeito a pequenas alterações.	0.000000	...	NaN	0.000000	NaN	NaN	193543969	614.000000	1588.000000	2056.000000	valor baixo	Verde
...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...
340099	2023-09-13	1004	Regional Sul	Regional	obitocovid	incidência	2023	32	Estimado. Sujeito a alterações.	0.008049	...	0.008049	0.008720	0.011068	53.333333	99385570	0.011189	0.066115	0.095612	valor baixo	Verde
340100	2023-09-13	1004	Regional Sul	Regional	obitocovid	incidência	2023	33	Estimado. Sujeito a alterações.	0.010062	...	0.011068	0.007714	0.013080	61.111111	99385570	0.011189	0.066115	0.095612	valor baixo	Verde
340101	2023-09-13	1004	Regional Sul	Regional	obitocovid	incidência	2023	34	Estimado. Sujeito a alterações.	0.003019	...	0.004025	0.006708	0.008049	50.000000	99385570	0.011189	0.066115	0.095612	valor baixo	Verde
340102	2023-09-13	1004	Regional Sul	Regional	obitocovid	incidência	2023	35	Estimado. Sujeito a alterações.	NaN	...	0.005031	0.004360	0.011068	55.555556	99385570	0.011189	0.066115	0.095612	valor baixo	Verde
340103	2023-09-13	1004	Regional Sul	Regional	obitocovid	incidência	2023	36	Estimado. Sujeito a alterações.	NaN	...	0.004025	NaN	0.012074	57.142857	99385570	0.011189	0.066115	0.095612	valor baixo	NaN

340104 rows × 21 columns

df_localities = download("Valores esperados por localidades")
df_localities

	UF	Unidade da Federação	Tipo	dado	escala	Semana epidemiológica	corredor baixo	corredor mediano	corredor alto	limiar pré-epidêmico	intensidade alta	intensidade muito alta	temporadas consideradas regulares	População de referência para cálculo de incidência
0	11	Rondônia	Estado	srag	incidência	1	0.0	0.000000	0.053353	0.160058	0.693586	0.906997	2010, 2013, 2014, 2016, 2018, 2019	1874318
1	11	Rondônia	Estado	srag	incidência	2	0.0	0.000000	0.000000	0.160058	0.693586	0.906997	2010, 2013, 2014, 2016, 2018, 2019	1874318
2	11	Rondônia	Estado	srag	incidência	3	0.0	0.000000	0.053353	0.160058	0.693586	0.906997	2010, 2013, 2014, 2016, 2018, 2019	1874318
3	11	Rondônia	Estado	srag	incidência	4	0.0	0.053353	0.053353	0.160058	0.693586	0.906997	2010, 2013, 2014, 2016, 2018, 2019	1874318
4	11	Rondônia	Estado	srag	incidência	5	0.0	0.000000	0.053353	0.160058	0.693586	0.906997	2010, 2013, 2014, 2016, 2018, 2019	1874318
...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...
23083	3	Região Sudeste	Região	obito	casos	48	5.0	7.000000	10.000000	23.000000	88.000000	124.000000	2012, 2013, 2014, 2015, 2017, 2018, 2019	89107377
23084	3	Região Sudeste	Região	obito	casos	49	6.0	7.000000	9.000000	23.000000	88.000000	124.000000	2012, 2013, 2014, 2015, 2017, 2018, 2019	89107377
23085	3	Região Sudeste	Região	obito	casos	50	5.0	7.000000	11.000000	23.000000	88.000000	124.000000	2012, 2013, 2014, 2015, 2017, 2018, 2019	89107377
23086	3	Região Sudeste	Região	obito	casos	51	4.0	7.000000	11.000000	23.000000	88.000000	124.000000	2012, 2013, 2014, 2015, 2017, 2018, 2019	89107377
23087	3	Região Sudeste	Região	obito	casos	52	4.0	6.000000	8.000000	23.000000	88.000000	124.000000	2012, 2013, 2014, 2015, 2017, 2018, 2019	89107377

23088 rows × 14 columns